林育誼老師專訪 | 台大醫學院

ntu-lin本期訪問到目前任職於台大醫學院生化暨分生所的林育誼老師。老師不只跟我們分享了許多自身求學與研究經歷,也侃侃而談目前相關領域的研究進展。從老師身上可以感受到身為學術研究者對研究的熱情和抱負,相當值得大家學習。希望本期內容也對大家有所幫助、有所啟發。

簡歷

台灣大學醫學院醫學系學士 (1991 – 1998)
PhD, Biochemistry, Cell and Molecular Biology
, Johns Hopkins University School of Medicine (2004 – 2008)
Postdoctoral fellow,
 Department of Molecular Biology & Genetics, 
Johns Hopkins University School of Medicine (2008 – 2009)
臺大醫學院生化暨分生所助理教授 (2009 – )

專長及研究興趣

Functional genomics and proteomics approaches in studying protein acetylation/deacetylation, microRNA biology and cancer metabolism

 

林育誼老師的學思歷程

    林育誼老師在研究上起步較晚,住院醫師時才決定朝學術界發展,但博士時研究就被刊登在Cell、Nature Methods等頂級期刊,目前回到台大生化所任教,並且是台大醫院腫瘤內科部的住院醫師,兼顧研究與臨床,對有志成為醫師科學家的同學們是相當好的榜樣。

高中大學階段

    林育誼老師就讀台南一中時,數學物理比較好,對於生物醫學並沒有特別有想法,後來考上了台大資工系,但是因為家庭因素,讀了一年便轉系到醫學系。

老師在醫學系時,讀得最有心得的基礎科目是病理科,因為它是一門從基礎跨到臨床的科目,最能讓人讀起來有即將要當醫生的感覺。在臨床方面,老師從以前就對內科很有興趣,其中又以感染科與腫瘤科最為喜歡,因為這兩個科別可以有系統、有邏輯的選擇對抗疾病的武器。也因此老師後來選擇了腫瘤內科。

當時班上至少有1/3的人都在唸USMLE(美國醫師執照考試),因此老師也跟著大家一起準備USMLE,雖然如此,但是班上最後去美國當醫生的人卻不多。老師大學時期也有想過要出國,但是並沒有非常積極。在研究方面,老師雖然有去做過幾個暑假的summer research intern,但也對基礎研究沒有特別有感觸。

住院醫師與申請留學階段

    改變老師走向基礎研究的,是當上住院醫師後,到了周祖述老師的實驗室,學習到該如何做好研究,同時也開始準備留學考試(sGRE與公費留學考試),為出國深造做準備。

申請國外研究所時,老師雖然沒有發表過paper,但是得過最佳內科實習醫師獎,還有來自周祖述、許金川、陳培哲老師們的推薦信,因此申請上有不錯的結果。老師interview時去了UCSF、MIT(Bioengineering program)、Yale與Johns Hopkins四所學校,拿到了其中三個學校的admission,後來因為認識的學長推薦,加上去interview時感覺不錯,所以決定前往Johns Hopkins University的BCMB program (The Biochemistry, Cellular and Molecular Biology Graduate Program) 就讀。老師提到說,申請學校時有inside information是相當重要的,這樣才會知道program裡面有哪些faculty是比較好的,進去就讀後也會有認識的人可以照料。另外老師也提到說,台大醫學系的學長在Johns Hopkins表現都不錯,因此JHU很喜歡收台大醫學系畢業的學生。

博士研究時期

    美國博士班規定進去第一年要rotate三到四間實驗室,探索自己的興趣;相較之下歐洲系統一開始就 match,三到四年就可以畢業,graduate student就變得有點像高級technician。老師說這有好有壞,如果只是想學很精的技術,拿到好的publication,歐洲的方式比較有效率,相比之下美國比較散漫,但卻可以嘗試更多可能性。

老師認為如果可以不用當兵或當住院醫師,時間壓力沒有很大的情況下,嘗試更多的可能性會比較好。以自己的例子來說,老師很慶幸當初沒有一開始就選太偏Oncology的題目,而是選了幾乎沒有背景的yeast的研究。因為graduate student有一段相當完整的時間是沒有publication 與找工作的壓力,這是相當難得的機會。如果太早就specialize,著眼於太小的領域,可能會限制了以後的發展性,對生物學研究的認知過於片面;相較之下選一個跟自己不太熟悉的領域,才會對整個biology有比較完整的認識。老師說一個好的研究學者要知道自己要做什麼、要問什麼問題、有什麼價值、要怎麼做;一個wet lab 的研究員要懂得各式各樣的工具,可以從各種角度來看問題,不然就像高級勞工一樣了。

林育誼老師rotate結束後,決定來到Dr. Jef Boeke的實驗室,這位教授的專長是Yeast genetics,其中一個研究方向是以Yeast為model,研究non-histone protein acetylation與Cell metabolism的關係。老師進去時接替了一位post-doc的工作,做synthetic lethality screen,找出metabolic-related gene間的交互作用。當時實驗室想發展一個 genome wide 的技術(這套技術現在稱做 dSLAM(heterozygous diploid-based Synthetic Lethality Analysis on Microarray),搜尋更多跟histone acetylation相關的基因,研究 histone acetyltransferase(HAT)與 histone deacetylase(HDAC)的交互作用。

老師在投入了不少心力後,開發了一種用proteome microarray(proteome chip)在 in vitro 中研究 acetylation的方法,為實驗室找到了新的武器。並且老師發現了NuA4(Nucleosome acetyltransferase H4),一個過去總是被認為在細胞核內調控 transcription 的 HAT,竟然也可以透過acetylation調控細胞質的PEPCK(PEP carboxyl kinase,是gluconeogenesis的重要酵素)。該研究後來發表在 Cell 上,現在也變成現在老師實驗室主要的研究方向之一。

回國後身兼醫師與教職

    拿到博士學位後,因為年紀、家庭以及與當地人的文化差異,林育誼老師想要回到台灣,並且想要繼續當醫生。於是老師申請了中研院分生所、生醫所以及台大生化所的教職,因為楊泮池院長提供老師繼續當醫生的機會,老師決定來到台大生化所,並同時身兼腫瘤內科住院醫師。

林育誼老師實驗室目前有三個研究方向:第一個是用RNAi在人體系統的培養細胞裡面做 synthetic lethality screen (The RNAi Consortium shRNA library),尋找跟細胞代謝有關的 HAT與 HDAC。第二個是用synthetic lethality screen尋找癌症的double driver。第三個與前兩者關係較小,是探討老鼠的 mRNA stability與microRNA transcription的關係。

老師對於醫學研究的看法

    林育誼老師想藉這個機會跟大家分享未來醫學研究的幾個大方向,分translational與basic兩個方面。

translational medicine未來十年有三個主要的方向:第一個是個人化醫療(personalized medicine):隨著分子生物學的進步,將DNA定序用到臨床上只是時間早晚的問題,透過基因解碼,為每個人打造最適合的醫療,將會是當代醫學發展的趨勢。第二個是再生醫學(regenerative medicine):著對幹細胞的認識越來越深,以及透過臍帶血保存幹細胞的方式問世,人類將可能透過幹細胞解決以前不能解決的醫療問題。另外腫瘤幹細胞的概念也是近幾年來才出現,了解腫瘤幹細胞的機制也許可以提供癌症治療一個新的契機。

第三個是RNAi therapy:現在的藥物大部分都是小分子化合物,但價格相當昂貴,主要是因為我們沒辦法從蛋白質的序列去預測他的三級結構以及生理功能。而製藥產業都是以compound library 投入大量資本,一次篩檢數以萬計的化合物,這種成本並不是台灣生技產業公司可以負擔得起的;相較之下,RNA therapy 只要知道 target DNA 序列就可以預測其生理功能,不需要做 small molecule screen,這種治療方式是單一實驗室就可發展的。當然 RNAi therapy 也有要克服的問題:第一個是 off target effect,雖然RNA的折疊比起小分子化合物更好預測,但是也更容易降解掉其他不希望被降解的 mRNA;第二個,也是比較難克服的,是RNA的instability,還有 RNA 沒有辦法通過細胞膜。不過只要能克服上述兩個問題,RNAi therapy將會是個成本低廉的新選擇。

在basic research的方面,老師覺得有兩個重要的方向,第一個是如何看單一分子的動態(single molecule dynamics):以前只能觀察細胞的平均表現,大多沒辦法看到單一分子的行為,隨著近年來顯微影像分析技術的發展,透過single molecule florescence可以觀測顯微鏡下單一分子的動態行為,再靠統計方法去分析數據,這便是近年來蓬勃發展的computational cell biology。第二個是synthetic biology:如何自己去設計、做一個細胞出來?老師說去年人類合成了第一個細菌,因此稱2010年為synthetic biology元年。假如人類可以自己合成生物,改寫出想要的genome,那便可以改善物種的缺點,不過在生化科技發展的同時,卻也要兼顧倫理問題。

給台灣醫學生的建議

    對於想要從事醫學研究的醫學生,林育誼老師認為,假如想要同時投入學術研究與臨床工作,養成同時兼具兩種背景,是需要花費相當多時間的。如果是還想在台灣當醫生的人,老師認為先當到主治醫師再出國深造是比較好的選擇,因為臨床的難處在於要全心投入,牽涉人跟人互動,相較之下唸書做研究比起臨床,自己的掌握度是比較高的。

老師認為當醫學生,最後能夠拿到MD的學位,是一件相當幸運的事情,因為醫生可以有很多選擇,不論是學術研究與臨床工作。醫師科學家相較於其他科學家,更清楚自己的研究在臨床上的重要性為何,而能夠結合基礎與臨床。

結語

    本次的專訪,筆者很幸運能透過修習生化課的機會訪問到林育誼老師。老師說大家能考上醫學系,都是相當聰明的人,如果不往學術界發展,其實有點浪費大家的聰明才智,因此鼓勵大家往學術界發展,並且鼓勵大家出國深造,增強實力並開拓視野!

撰文 | 李彥德(台灣大學)

Photo |
From 臺灣醫學生研究通訊 No.14

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